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MaterialStudio v4.3安装手册 v1.0


一、 背景介绍 Materials Studio 是一个采用服务器/客户机模式的软件环境,它为你的 PC 机带来世界最 先进的材料模拟和建模技术。 Materials Studio 使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构,使用极好的制图能力来 显示结果。与其它标准 PC 软件整合的工具使得容易共享这些数据。 Materials Studio 的服务器/客户机结构使得你的 Wi

ndows NT/2000/XP,Linux 和 UNIX 服务器 可以运行复杂的计算,并把结果直接返回你的桌面。 Materials Studio 采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。 Accelry’s 的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟 和统计相关为一体容易使用的建模环境。 卓越的建立结构和可视化能力和分析、 显示科学数 据的工具支持了这些技术。 无论是使用高级的运算方法,还是简单地利用 Materials Studio 增强你的报告或演讲,你都 可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。 二、 软件版本 目前最新版本为 4.4,本文档以 4.3+sp1 为例进行介绍。 三、 软件的安装设置 1、安装 HPMPI 可以用安装光盘中的 hpmpi,或者其他途径获得的更新版的 hpmpi,安装采用 rpm 方式. rpm –ivh hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm 配置环境变量: cat ~/.bashrc ######HPMPI########## export MPI_CC=icc export MPI_F77=ifort export MPI_F90=ifort export MPI_CXX=icpc MPI_ROOT=/opt/hpmpi PATH=${MPI_ROOT}/bin:$PATH MANPATH=${MPI_ROOT}/share/man:$MANPATH LD_LIBRARY_PATH=${MPI_ROOT}/lib/linux_amd64:$LD_LIBRARY_PATH export LM_LICENSE_FILE=${MPI_ROOT}/licenses/license.dat:$LM_LICENSE_FILE export PATH MANPATH LD_LIBRARY_PATH export MPI_REMSH=/usr/bin/ssh # 2、Linux 服务器版本安装 目前 MS 有 Linux 版和 Windows 版两种,集群上推荐使用 Linux 版,但是很多用户习惯于在 Windows 平台下用 Gateway 的方式提交计算任务, 因此, 下面还会介绍 Windows 版的安装。 首先获得安装需要的光盘或者镜像文件 (MS43 U.nrg)以及版本相对应 License 文件 , (msi.lic) 。 将镜像文件挂载 mount MS43 U.nrg /media/ -o loop cd /media

用普通帐户安装 ./Install –t cluster 按照缺省安装至结束,切换到 root 账号进行配置: 使 gateway 自启动: cp /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d cd /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/ /sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888 复制你的 license 文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses (目录要与安装 License 管理软件 的目录相一致) 3、Windows 服务器版本安装

安装过程略 安装完成后,把 msi.lic 或 msilic.lic 拷贝到安装目录的子目录.\LicensePack\Licenses 中 4、Linux 环境下配置环境变量 cat ~/.bashrc # .bashrc # User specific aliases and functions # Parallel Environment Setting for Materials Studio 4.3 export MS_INSTALL_ROOT=~/Accelrys/MaterialsStudio43/ export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=~/scratch export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Accelrys/LicensePack/linux/lib/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib export TMPDIR=$DMOL_TMP export PATH=$PATH:~/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/CASTEP/bin/:~/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/D Mol3/bin/ . ~/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile eval `~/Accelrys/MaterialsStudio43/share/license/data/lic_setup.sh ~/Accelrys/MaterialsStudio43/ -s sh` #/public1/soft/MSI/Accelrys/MaterialsStudio43/ -s sh` 5、作业调度方式提交任务 准备算例文件,一般来说包括 XX.cell XX.param XX.recpot 几个文件,如果还有其他的参数 设置还会有.geom 等。 准备作业提交脚本: cat msi.pbs #PBS -N model #PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -q high project_name=model cd $PBS_O_WORKDIR rm .machine rm APPFILE rm $project_name.castep NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE 6、Gateway 方式提交任务 6.1 配置并行参数 6.1.1 设置/home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/share/data/machines.LINUX 每行一个节点名称,格式如下: node40:8 node41:8 node42:8 node43:8 node44:8 node45:8 node47:8 node48:8 node49:8 6.1.2 可用 CPU 总数设置 修改配置文件 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd cpucorestotal=72 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cf g gw_cpucorestotal=72 6.1.3 修改 mpi 运行参数,支持 ib 修改配置文件 cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd mpicommand=/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f APPFILE cat /home/demo/msi/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cf g

gw_mpicommand=/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f APPFILE 6.1.4 Web 页面 登录安装节点 以 root 方式 service msgateway_control_18888 start 在浏览器中填入 http://10.0.38.203:18888/ 在 Gateway Date 中可以做相应的修改。 用户控制(用户须输入帐户密码才能提交任务) : gwauthentication minimum|password minimum: 不需要输入帐户密码 password: 需要输入帐户密码 gwusers –add ID 添加用户 gwusers –remove ID 删除用户 gwusers –update ID 修改 ID 的密码 gwusers –list 列出所有用户 传输协议控制:gwtransport sslon|ssloff 6.2 任务提交 作业提交时指定 Run in parallel on 4 of 80 processors,gateway 就会在资源池中寻找 4 个处理 器内核,通过 hpmpi 发起并行作业。 7、 四、 注意事项 1、本文命令、代码和超链接采用斜体五号字表示 2、在所以参与计算的节点根目录上增加/scratch/,并设置开放的权限 mkdir /scratch chmod 777 /scratch 3、Segment fault 等错误产生或作业无法提交时 vi /etc/security/limits.conf * hard memlock unlimited * soft memlock unlimited * hard stack unlimited * soft stack unlimited * hard as unlimited * soft as unlimited 4、报 sharememory 错误时 sysctl -w kernel.shmmax=64000000 并修改/etc/sysctl.conf 增加 kernel.shmmax=64000000

Materials Studio 安装关键步骤
默认分类 2010-06-18 14:42:35 阅读 992 评论 5 字号:大中小 订阅

终于被我找到了,自己回答。希望能对大家有用。还我积分,呵呵。 1.把安装文件压缩包 materials studio 4.4 for win.rar 和 ms4.4lic .rar 下载到 F 盘。 2.双击 materials studio 4.4 压缩包,双击 Autorun.exe,选择 complet 安装。 3.打开文件夹“license pack ”,双击“lp-setup.exe”安装 license server. 4.ms4.4lic .rar 解压缩,把 ms.lic 拷贝到 C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses 5.双击 ms.lic,如果打不开的话,选择用“记事本”打开。 6.修改记事本打开的 ms.lic 第一行 SERVER this_host ANY 27000 中的 this_host 我的电脑名 Robin.修改 后为 SERVER Robin ANY 27000,保存. 7.开始-程序-accelry license pack 7.6-license administration 单击 Install License,选择 C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses\ms.lic,点击 install 安装. 8.在 license administration 画面,点击 license server 下的 connection,单击画面底部的 Edit,Hostname 里填上我的电脑名 Robin.其它不变。 然后运行 License Test 测试一下,就会发现通过了。运行后发现正常,可以 Castep 来计算,并有正常结 果输出

本 文 来 自 CSDN 博 客 , 转 载 请 标 明 http://blog.csdn.net/Tobeabetterman_He/archive/2009/08/20/4465321.aspx 6、[求助]Linux 上 MS 的安装问题 我在 RHES4.6上安装 MS3.0 但是在 castep 和 dmol 下的 RunDMol3.sh 大小为零,没有东西, 同时在 share 下也没有 bin 目录,也找不到 ms_setuo.sh 脚本 请问是什么原因? 相应的出现这样的错误信息:







/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 答:假如你有 Materials Studio 3.1的 ISO 版本以及 licene.dat。在 linux 机器上的用户 名为 firefox。下面是安装 Materials Studio3.1 linux 版本的步骤 1、假定把 Materials Studio3.1的 iso 文件 mount 到/home/firefox/ms 目录,切换到 root

帐号下,然后用下面的命令如下: mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms 2、 文件 mount 上去后, 退出 root 帐号, 回到 firefox 帐号。 然后到/home/firefox/ms/UNIX 目录,运行下面的: ./Install 3、开始按提示安装了 1) 、指定你要 Materials Studio 安装到的目录,比如/home/firefox/MaterialsStudio 2) 、下面就是指定你所需要安装的模块了,根据自己的需要选择,当然也可以全部选上 3 )、 然 后 指 定 你 License_Pack 所 在 的 目 录 , 我 们 假 定 也 是 放 到

/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 目录中,那么先建 立这样的目录:mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 接着按提示 Enter。开始安装 Licens_Pack 了。 4 )、 下 面 把 你 所 得 到 的 licene 文 件 msilic.lic 拷 贝 到

/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses 目录中,并改名为 msilicense.dat。 5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat 完整的 文件名按提示输入。这些完成后。就基本 安装好了。下面就是把 gateway 运行起来。 4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway 目录,运行下面的命令: ./msgateway_control_18888 start 提示说 Gateway start succeeded - running as process xxxx。后,就启动成功了。 5、在 ie 的地址栏输入,http://127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的 计算模块 基本就安装成功了。(注意之处:不要用 root 安装它)。


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