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CA网络版用户指南1


美国化学文摘社
CA 网络版: SciFinder 2006/ SciFinder Scholar 2006 用户指南

By iGroup (Asia Pacific) Limited, October 2006

目 ?????????录
第一章 SciFinder 结构图标 ( Structure Drawing

) 绘制结构窗口(Structure Drawing Screen) 垂直的工具板 (Vertical Tool Palette) 水平的工具板 (Horizontal Tool Palette) 结构检索(The Structure Query Drawing) 保存结构和再用结构 (Save and Reuse Structure) 检索多个结构碎片(Search Multiple fragments ) 第二章 SciFinder 的相同化学结构检索 (Exact Chemical Structure Search) 相同化学结构检索 (Exact Chemical Structure Search) 实验物性数据 (Experimental Properties) 计算物性数据 (Calculated Properties) 保留物质 (Keep Substances) 分析和再检索结果 (Analysis / Refine) 物质的相关文件 (Reference Information related to Substances) 检索更多的相关资料 (Get Related...) 物质立体结构模型 (3D Structure Model of Substances) 物质供应目录数据 (Catalog Information of Substances) 物质管制和注册数据 (Regulatory Information of Substances) 物质反应数据 (只限有亚结构 SSM 的账号) (Reaction Information of Substances) 结束相同化学结构检索 (Ending Exact Chemical Structure Search) 第三章 SciFinder 亚结构检索 (Substructure Search) 亚结构检索 (Substructure Search) 亚结构检索之预览 (Preview of Substructure Search) 进行亚结构检索 (Performance of Substructure Search) 分析结果 (Analyzing Answer) 分析取代原子 (Analyzing Substitution Atom) P. 1 – 1 P. 1 – 2 P. 1 – 8 P. 1 – 21 P. 1 – 23 P. 1 – 26 P. 1 – 26 P. 2 – 1 P. 2 – 2 P. 2 – 6 P. 2 – 6 P. 2 – 7 P. 2 – 7 P. 2 – 8 P. 2 – 9 P. 2 – 10 P. 2 – 11 P. 2 – 12 P. 2 – 13 P. 2 – 14

P. 3– 1 P. 3– 2 P. 3– 4 P. 3– 9 P. 3– 11 P. 3– 12

分析可变基团 (Analyzing Variable Group (A, Q, X, M)) 分析 R 基团 (Analyzing Composition Atoms of R Group) 分析检索的准确性 (Analyze by Search Accuracy) 分析环结构 (Analyze by Ring Structure) 分析立体结构(Analyze by Stereo) 再检索答案 (Refining Answers) 结束亚结构检索 (Finish Substructure Search) 第四章 SciFinder 相似结构检索 (Similarity Search) 相似结构检索简介 (Introduction of Similarity Search) 进行相似结构检索 (Performance of Similarity Search) 比较:完全相同结构检索、亚结构检索和相似结构检索 (Differences between Exact Chemical Structure Search, Substructure) 结束相似结构检索(Finish Similarity Search) 相似结构检索数据的参考文件(Reference Data of Similarity Search) 第五章 化学反应检索 (Reaction Search) 从一个结构去检索反应式 (Search from One Side of Reaction) 进行化学反应检索(Performance of Reaction Search) 多步反应显示 (Display Multi-steps Reaction) 有关化学反应之文件 (References of Reaction) 反应分析 (Analyze) 再检索反应式 (Refine) 指定反应物/试剂和产物的化学反应 (Define the Reaction Roles) 以官能团检索 (Search by Functional Group) 组合官能团和结构检索 (Search by Combination of Functional Group and Structure) 进行反应检索 (Performance of Reaction Search) 结束反应检索 (Finish Reaction Search) 智能检索: SciFinder 怎样去检索结构 CAS Registry: 物质物性参考表

P. 3– 13 P. 3– 14 P. 3– 15 P. 3– 16 P. 3– 21 P. 3– 25 P. 3– 28

P. 4 – 1 P. 4 – 2 P. 4 – 4 P. 4 – 6 P. 4 – 10 P. 4 – 10

P. 5 – 1 P. 5 – 2 P. 5 – 3 P. 5 – 5 P. 5 – 6 P. 5 – 7 P. 5 – 9 P. 5 – 13 P. 5 – 15 P. 5 – 19 P. 5 – 20 P. 5 – 21

Appendix A Appendix B

P. A – 1 - P. A – 4 P. B – 1 - P B – 5

1.1

第一章 SciFinder 结构绘制 (Structure Drawing)
用户可用化学结构图标来检索化学物质和化学反应,找出有关化学物质的物性、文件、供货商、管制 品名单和化学反应等资料。

使用 SciFinder 可以从以下不同的方式进行检索。 ? ? ? ? 完全相同结构检索 (Chapter 2) 亚结构检索 (Chapter 3) 相似结构检索 (Chapter 4) 化学反应检索 (Chapter 5)

这个章节会说明怎么使用 SciFinder 的结构图标。 ? ? ? 结构图标窗口 结构图标菜单 结构图标工具

1-1

绘画结构窗口(Structure Drawing Screen)
启动结构图标屏幕 1. 按下 New Task 窗口中的 Explore,然后选择 Chemical Structure (物质结构)或 Reaction Structure (反应结构)。

2.

绘制结构窗口 Untitled (未命名)开启。 结构绘图 文件

放大率框 绘画化学结 构工具 目前的原子选择

原子和化学键选择

1-2

结构图标菜单显示绘制结构所需的工具。

文件菜单(File Menu) 文件菜单(File Menu)有以下基本的结构图标和窗口控制指令。 菜单标题 New Open Close Save Save as Revert Get Substances Get Reactions Preview Print Setup (Windows) 设定打印 Page setup (Macintosh) Print Exit SciFinder (windows) 退出 SciFinder Quit (Macintosh) 只适用于反应检索。 只适用于有亚结构检索的账号。 打印所显示的结构 定义 开启新的结构图标窗口 打开已保存之结构 关闭结构图标窗口,并开始新的任务(New Task)窗口 保存正在开启的结构图标 (不会显示对话框) 另存结构,以不同的格式或文件名字保存 (如: MDL molfile) 取消所有改变,并回复到最后所保存的状况 搜寻与已绘制的化学结构及其相关的物质,包括互变异构体和离子 搜寻化学反应 预览结构检索所得的答案

1-3

编辑菜单(Edit Menu) SciFinder 的编辑菜单拥有标准的编辑功能。 菜单标题 Undo Redo Cut Copy Paste Clear Select All Unselect All Clear All Repaint Delete All Mappings 定义 复原之前的编辑情况,能使用多次 复原到 Undo 之前的情况 剪下已选的结构或文本,并保存到剪贴板 复制已选的结构或文本到剪贴板上 将剪贴板的内容, 剪贴到鼠标所指示的位置 清除已选的图或文本 选择所有在结构图标窗口中的数据 不选择所有在结构图标窗口中的数据 清除在结构图标窗口中的所有数据 更新结构图标窗口 删除所有化学反应中的原子绘图

视图菜单 (View Menu) 可以在浏览菜单中选择不同方式去浏览原子结构图和工具列。 菜单标题 Dot Atoms Position Number Status Bar Show variable attachment positions Toolbars - Standard 定义 展示(或不展示)碳原子 展示(或不展示)原子位置数字 展示(或不展示)状态区的分子式和分子量 展示(或不展示) 可变的原子附件位置 展示(或不展示)标准工具列 默认设置 不展示 不展示 不展示 不展示 不展示

注 : Dot Atoms和Position Number不能同时使用。选取其中一方会使另外一方无效。 注 : 可以用SciFinder 的主工具列的 Tool> Edit Preference Editor>Drawing标签改变默认设定。

1-4

工具菜单 (Tool Menu) 可以从结构图标窗口的工具菜单 (Tool) 选择改变 SciFinder 的最初设定。可以选择三大项目: Valency Checking (化合价检查) , Fix Drawing Angles (固定键的角度) ,和 Fix Drawing Length (固 定键的长度)。也可以用 Edit Preference (编辑选择)中的 Drawing 标签改变这些默认设定。

菜单标题 Valency Checking Fix Drawing Angles Fix Drawing Length Check Overlaps Unlock All Positions Lock All Positions Reverse Shortcut Flip Horizontal Flip Vertical Fuse Fragments Edit Preferences… Database Settings…

定义 检查已绘制的结构中的化合价 固定或改变键的角度,可以改变默认设定,只适用于分开绘制的角度 固定或改变键的长度,可以改变默认设定,只适用于绘制链或环 检查交迭的结点和键 解锁所有已被锁定原子或环取代的结点 锁定所有结构图标的结点取代 倒转已选的快捷方式表示 (如:COOH 水平地翻转已选的结构图 垂直地翻转已选的结构图 融合两个已选的结点或碎片 开启 Preference Editor (编辑选择) 开启 Preference Editor(编辑选择)的数据库(Database)设定 HOOC)

1-5

模板菜单 (Template Menu) 当你从菜单中选取模板,便能够在结构图标窗口中轻易绘图。 菜单标题 Monocarbocyclic… Bicarbocyclic… Polycarbocyclic… N-containing… O-containing… S-containing… NOS-containing… Alkaloid… Amino Acid… Carbohydrate… Nucleic Acid… Steroid… Coordination… Misc… User Defined… 定义 由碳原子组成的单环结构 由碳原子组成的双环结构 由碳原子组成的多环结构 含有氮 (N)原子的结构 含有氧 (O)原子的结构 含有硫磺(S) 原子的结构 含有氮(N)、氧 (O) 和硫磺 (S) 成分的结构 生物碱 氨基酸结构 碳水化合物结构 核酸结构 类固醇结构 配位化合物 其它各种各样的结构 使用者界定的构造模板

若果要设立使用者设定的模板 (User Defined Template),请将已绘制的结构保存于 User_Def 活页夹 中。可以从 Preference Editor(编辑选择) 的 Drawing 选择已保存的活页夹。 使用使用者设定的模板的方法与使用其它模板一样。从主工具列的 Template Menu 中选取 User Defined, 并选出你想要绘制的模板,然后往结构图标窗口点击。

1-6

说明 (Help) 此菜单显示怎样使用 SciFinder 和其它信息。 菜单标题 SciFinder Help Contents and Index Message of the Day About SciFinder 定义 开启 SciFinder 使用说明文件 开启 SciFinder 使用说明内容和索引 显示 CAS 的 "每日消息" 显示版权和版本信息

使用说明的窗口

1-7

垂直的工具板 (Vertical Tool Palette)
垂直的工具板提供绘制和修改化学结构的工具。 要使用工具,先点击图标。再将鼠标点击到结构图标窗口,图标内容便会自动显示。

铅笔工具 原子菜单工具 X 菜单工具 ◎ 重复单元工具○ 环戊二烯环工具 苯环工具 模板工具 橡皮擦工具 选择工具 正离子工具 锁定原子取代工具 ◎ 反应位置工具▲ 反应箭头工具▲ 官能团工具▲

链工具 快捷方式菜单工具 R 基团设定工具 ◎ 可变的取代位置工具○ 环戊烷环工具 环己烷工具 n 环工具 套索工具 旋转工具 负离子工具 锁定环取代工具 ◎ 转换反应角色工具▲ 原子绘图工具▲

◎ : 只可用于亚结构检索或反应检索 ○ : 只有亚结构检索账号才能使用 ▲ : 只可用于反应检索

1-8

■ 铅笔工具 (Pencil Tool) 这是用来绘制结点和键。先选择出原子和键,点击铅笔工具图标,鼠标会变成铅笔形状, 可以开始绘制。 绘制方法: 1. 将鼠标点击在你想开始绘制的位置 2. 按下鼠标的左键并拖曳拖鼠标至一个适当位的位置,然后放开鼠标的左键。

结点和键可以从水平的工具板、原子菜单、快捷方式菜单和 X 菜单工具中选取。也能将原子输入当 前原子框(Atom Box) (这将在之后解释) 。 更改现已绘制结点和键的步骤是非常简单。首先,选择新的结点或键,并且将光标移向你想要更改 的结点或键,然后点击即成。

■ 链工具 (Chain Tool) 这是用于绘制键。当你点击链工具图标, 鼠标会变成链形状。 要绘制链子,先将鼠标点击要想开始绘制的位置,然后按着鼠标的左键并拖曳鼠标至你想要的长度。 当正在拖曳链子时,你能从鼠标旁的显示中,得知链子的原子数量。完成后,便放开鼠标的左键。 此时,链子中所显示的原子数量将会消失。

注:

要改变链的方向,在绘制链子时请按 Shift 键。

■ 原子菜单工具 (Atom Menu Tool)

1-9

这是用来选择原子的工具。当点选一个原子后,SciFinder 便会将它设定为默认(default) ,直到用户 点选其它的原子、快捷方式 (shortcut) 、R 基团 (R groups) 、或官能团(Functional Group)。当你选 取这个工具时, 鼠标会自动的变成铅笔工具。 当你按下原子菜单图标,并持续按着鼠标的左键,化学元素周期表将会从原子菜单工具中出现。 要选择原子,先在周期表上拖曳鼠标到目标原子,然后放开鼠标的左键。被选取的原子将显示在水 平的工具板的当前原子框 (Atom Box)里。 当你使用铅笔工具点击结构图标屏幕或现结点时,便会绘制出所选原子。

■ 快捷方式菜单工具 (Shortcut Menu Tool)

快捷方式菜单工具可令用户简单快捷地绘制结构。SciFinder 会将选取的快捷方式设定为默认 (default) , 直到用户点选不同的原子 (atom)、快捷方式 (shortcut) 、R 基团 (R groups) 、或官能 团(Functional Group)。当你选择这个工具时,鼠标会自动地变成铅笔工具。 当你按下快捷方式菜单图标,并持续按着鼠标的左键,快捷方式菜单将会出现。 要选取快捷方式,先在快捷方式菜单上拖曳鼠标到目标快捷方式,然后放开鼠标的左键。被选取的 快捷方式将显示在水平的工具板的当前原子框 (Atom Box) 里。 每当你使用铅笔工具点击结构图标屏幕或现有的结点,便会绘制出所选快捷方式。 绘制快捷方式后,你可以改变它的方向 (如: MeO OMe) 。先点选在垂直工具板的选择工具 (Selection tool), 再点选屏幕上的快捷方式图标(将在以后解释) ,然后从工具菜单中选取 Reverse Shortcut (反向快捷方式) ,快捷方式方向便会倒过来。

1-10

X 菜单工具 (X Menu Tool) 用户可选取 X 菜单工具内的可变原子, 绘制结构作亚结构 或反应检索。SciFinder 会将选取的可变原子设定为默认 (default) ,直到用户点选不同的原子 (atom)、快捷方式 (shortcut) 、 R 基 团 (R groups) 、 或 官 能 团 (Functional Group)。当你选择这个工具时,鼠标会自动地变成铅笔工 具。

当你按下 X 菜单图标, 并持续按着鼠标的左键,可变原子菜单将会显示。 要选择可变原子,先在菜单上拖曳鼠标到目标可变原子,然后放开鼠标的左键。被选取的可变原子 将显示在水平的工具板的当前原子框 (Atom Box) 里。 每当你使用铅笔工具点击结构图标屏幕或现有的结点,便会绘制出可变原子。 在 SciFinder 的默认设定(default)中,Ak (碳锁链)被正方格锁着,这表示 Ak 已被锁定,不能有取代。 在这情况下,Ak 的检索只适用于直、分支、或不饱和的碳链。如想解除 Ak 的取代锁定,只需点击 锁定原子取代工具(Lock Out Substitution)并移动鼠标选取 Ak,锁着 Ak 的正方格便会消失。这时, 使用者可查询 Ak 在结构中可有不同的取代基。(锁定和解除取代作用的详情,请参阅 Lock Out Substitution 的部份)。 R基团工具 (R Group Tool) 用户可选取 R 基团工具,并设定 R 基团, 绘制结构作亚结构或反应检索。在同一 R 小 组中,最少输入两个项目 (最多是 10 个)。 当你点击 R 基团工具 (R Group Tool), R-group Definitions Box (R 基团设定框)便 会出现。SciFinder 会将 R1 设定为默认 (default) 直 到 不 同 的 原 子 、 快 捷 方 式 (shortcut)、R 基团 (R groups) 、或官能团 (Functional Group)被选择。

先点击在 R 基团设定对话框(R-group Definitions dialog box)中的原子(atom),快捷方式(Short),X 菜 单 (X) 的图像,并选取要设定为 R 基团的项目。如选择多个项目,可用逗号将项目分开。 当你需设定其它 R 基团,移动鼠标至 R2、R3 等。最多可设定 10 个 R 基团。 如要将 R 基团绘制到结构中,必须在 R 基团定义对话框内选取 R 基团,并且用铅笔工具将它加到 结构中。

1-11

■ 重复单元工具 (Repeat Group Tool) (只适用于有亚结构检索的账号) 这工具是用来绘制重复的单元结构。

1. 2. 3. 4.

在绘制基本的构造之后 (包括重复的部份) ,点击重复单元工具图标(Repeat Group Tool)。 拖曳鼠标并圈上重复的部份。选取的部份会显示为红色。 在位于图标屏幕上方的 From: To: 框中输入需重复单元的数目,然后点击 OK。 括号会在重复单元中出现,并在括号下显示重复单元的数目。

注:

重复单元工具的限制 重复单元的数目需在 0 至 20 之内 不适用于 Ak 单元 不适用于立体键 (只用于反应 检索) 在重复单元内, 不能包括原 子绘图 (atom mapping)和反应位置 (reaction site)的设定 作相同结构(Exact Structure) 或亚结构(Substructures)检索时,需在 From: 和 To: 框中 输入一样的数值, 如 From:2, To:2)。

图例

1-12

■ 可变的取代位置工具 (Variable Attachment Position Tool) (只适用于有亚结构检索的账号) 这工具是用于定义取代基与环上多个点中的任何一个键。 1. 在绘制基本的构造和取代基之后,点击可变的取代位置工具图标 (Variable Attachment Position Tool)。 2. 点击及拖曳取代基至取代位置。取代基将和其位置将显示为红色。在取代基和取代位置之间会 出现一条虚线。 3. 当放开鼠标左键,一条实线将出现在环中和取代基团之间。这指示出可变的取代位置。 4. 要指示多个取代位置,重复步骤 2 和 3 。这做法要求至少 2 个取代位置被设定。

1-13

使用可变的取代位置工具所需注意事项: ? ? ? ? ? ? ? ? 图例 取代基最多为 20 个。 只能选择环系统中的其中一个环或一个结点,作为取代基的键点。如结点在链、连环或环系 即无法被选择。 可绘制多个取代基,然后个别地指定出它可变的取代位置。 可使用锁定取代工具(Lock Out Substitution) 锁定取代。 取代位置必须为非金属原子、X (卤素原子)、Q ( 除了碳 和氢原子)和 A (除了氢原子)。 可锁定可变的取代位置(Lock Out Substitution)。. 不能指定环和取代基之间的立体键 (但能指定单键、双键、 三键、或未指明的键) 。 在反应检索中,可将环和取代基之间的键设定为反应位置。

■ 环戊二烯环工具 (Cyclopentadien ring Tool) 这工具用以绘制环戊二烯环。 先点击图标,并在结构图标窗口中移动鼠标及点击。 若要在现有的结点或键加上环结构,只需将鼠标移动至该结点或键,并点击一下即可。 按着鼠标的左键拖曳,便能够转动环。当你放开鼠标键,环的方向将被固定。

■ 环戊烷环工具 (Cyclopentane ring Tool) 这是用来绘制环戊烷环。使用说明与绘制环戊二烯环工具一样。

■ 苯环工具 (Benzene ring Tool) 这是用来绘制苯环。使用说明与绘制环戊二烯环工具一样。

1-14

■ 环己烷环工具 (Cyclohexane ring Tool) 这是用来绘制环己烷环。使用说明与绘制环戊烷环工具一样。

■ 模板工具 (Template Tool) 这是用来绘制从模板菜单(Template)中已选取的模板。在模板菜单中取模板之后,这功能 才会有效。 在主工具列的模板菜单(Template)中选取任何结构模板,之后,模板表列将会显示出来。点击所需的 结构,模板表列便会消失。 在结构图标窗口中点击,选择的结构模板便会加入。 不能将模板结构与现有的结点或键连接起来。 n 环工具 (n ring Tool) 这是用来绘制一个由 3 至 15 个碳原子所组成的单环。 只要点击图标,n 环工具对话框便出现。 单环的默认设定为 6 。可输入 3 至 15 之间任何一个数 字,并点击 OK。鼠标的形状将变成 n 环工具图标。 要绘制环,先将在鼠标移动至结构图标窗口及点击。

若要将环与现有的结点或键连起,只需将鼠标移动至该 结点或键,并点击一下即可。 按着鼠标的左键拖曳,便能够转动环。当你放开鼠标键, 环的方向将被固定。 使用 n 环工具,可容易地绘制一个由 4 -、 5 -、 6 - 环构成的环系。在对话框中加入 U (向上) 或 D (向下)可以选择改变环系的方向 。默认设定的方向是从左到右。 例如, 绘制一个类固醇环系统,在对话框中输入“66U6D5” 。在结构图标窗口上移动鼠标及点击, 以下的结构便绘制出来。 。

1-15

■ 橡皮擦工具 (Eraser Tool) 这是用来删除在结构中的结点或键。当点击橡皮擦工具图标,鼠标会变成橡皮擦形状。 要删除结点,先将鼠标移动至结点及突出显示它们,再点击。然后,这结点与其连接的键将被删除。 要删除键,先将鼠标移动至键的中心位置 。突出显示然后点击这键,便可以删除。

■ 套索工具 (Lasso Tool) 这是用来选择结构和结构碎片。 能移动(Move) 、 剪下(Cut) 、 复制(Copy) 、 或删除(Delete)。 并可从工具菜单 (Tools) 中选取 Reverse Shortcut (反向快捷方式) , 快捷方式方向便会倒过 来。 选择并点击套索工具图标,鼠标会变成套索形状。 在选择的结构附近按着鼠标的键,并拖曳鼠标包围着结构,将放开鼠标键。 要移动已选取的部份,在已选择的范围之内移动鼠标。此时,鼠标会变成手的形状。按着鼠标的键 并拖曳结构至理想位置。 要删除已选取的部份,从编辑菜单(Edit Menu)中选取剪下(Cut)或清除(Clear) ,或按<Delete>键。若 选择剪下,被删除的结构会先被复制到剪贴板(Clipboard)上。要贴上已选取的结构, 必先在编辑菜 单中选取 Paste(粘贴)。 要选择结点,可在结点的末端作点击。所选取的结点将被突出显示成正方形。

■ Selection Tool (选择工具) 选择工具被使用来选择结点、 碎片和整个结构。 键、 能移动(Move)、 剪下(Cut)、 复制(Copy) 或删除(Delete)。并可从工具菜单中选取反向快捷方式 (Reverse Shortcut),快捷方式方向 便会倒过来。 要使用选择工具,首先点击选择工具图标,鼠标会变成箭头的形状。在结点或键上移动箭头,并点 击突出显示已选取的项目。 如要选择多个结点和键,可按着 Shift 键并同时点击。每个点击项目将被突出显示。 若要快捷地选取多结点和键,先按着鼠标的左键,并拖曳至需选取的部分。当放开鼠标的键时,方 形框中的所有项目将被选取。 想要选择整个结构,双击结构的任何部份。 若要移动被突出显示的部份结构,将箭头的尖端移向那部份。按下鼠标的左键并拖曳所选项目至适 当位置,然后才放开鼠标的键。被突出显示的部份将被移动。

1-16

移动整个结构的方法与同上一样。突出显示整个结构, 并在结构的任何部份上按下鼠标的左键并拖 曳所选项目至适当位置,然后才放开鼠标的键。 从编辑菜单中选取剪下(Cut) ,便可剪下所选取的项目。被剪下的项目会贴到剪贴板上。 从编辑菜单中选取复制(Copy) ,便可复制所选取的项目。被选取的项目会贴到剪贴板上。 若要删除选择的项目,只要按<Delete>键便可。 想要倒转快捷方式(如:MeO shortcut。 先突出显示快捷方式, 并从工具菜单中 (Tools) 选取 Reverse OMe) ,

要取消突出显示,在结构图标窗口中,点击已选取的项目以外的任何一个地方便可。

■ 旋转工具 (Rotation Tool)

以某特定的结点为中心点,顺时针或逆时针地转动结构。 要转动结构,首先点击旋转工具图标。鼠标会变成像图标的形状。选择转动的结点中心点上按下鼠 标的键,并拖曳转动。

■ 正离子工具 (Positive Ion Tool) 正离子工具是用来放置正离子 (+)在结点上。当选择图标,鼠标会变成像图标的形状。

想要在结点加上一个正离子,先点击正离子工具图标及点击结点。持续 点击便可增加正离子的数量。 若要减少正离子的数量,请使用负离子工具。

■ 负离子工具 (Negative Ion Tool)
负离子工具是用来放置一个负离子( - ) 在结点上。 当选择图标, 鼠标会变成像图标的形状。 想要在 点击便 结点加上一个负离子,先点击负离子工具图标及点击结点。持续 可增加负离子的数量。

若要减

少负离子的数量,请使用正离子工具。

1-17

■ 锁定原子取代工具 (Lock Out Atoms Tool) 在结构检索或反应检索中,锁定原子取代工具能禁止原子取代。 想禁止原子取代,首先点击锁定原子取代工具图标。鼠标会变成像图标的形状。 用鼠标的尖端点击结点。该结点便会将被正方形包围。可锁定多个结点。 除 Ak 可用这工具外,不能用上述的方法以锁定其它快捷方式,如甲基(Me)。

■ 锁定环取代工具 (Lock Out Rings Tool) 在亚结构检索或反应检索中,此工具禁止环取代。同时可以禁止链变成为环的一部份。 要禁止环取代,首先点击锁定环工具图标。鼠标会变成像图标的形状。 使鼠标的尖端对准结点,点击并且突出显示它。便可锁定环取代。

反应位置工具 (Reaction Site Tool) 在反应检索中,反应位置工具把反应位置的键进行标记着。当点击图标,鼠标会变成像图 标的形状。 先要点击反应位置工具图标,点击并且突出显示反应位置的键。键会被画上垂直的双重线以作标记。 你可以在反应式中标出多个反应位置,这可缩小答案数量,作更准确的检索。

反应角色工具 (Reaction Role Tool) 在反应检索中,反应角色工具用来设定反应物 / 试剂、产物、或任何一个在反应中的角 色。 设定角色,先点击反应角色工具图标,并使鼠标对着结构,然后点击。当反应角色对话框出现,选 择角色并且点击 OK。反应角色将会在结构之下显示。 想要转换指定角色,再点击反应角色工具图标,并使鼠标对着结构。在点击以后,反应角色对话框 将会出现,然后选择不同的角色并点击 OK。新角色将会在结构之下显示。 用箭头工具,可以自动地设定角色为反应物 / 试剂、产物。 如果你不想设定任何角色,请选取任何一个角色 Any Role。 箭头工具 (Arrow Tool)

1-18

箭头工具用于反应检索,和指定在结构图标窗口中的化学反应角色。 点击箭头工具图标来绘制反应箭头。鼠标变成对水平线的箭头。在适当的位置点击鼠标,并拖曳鼠 标至反应的方向。 如果在结构图标窗口中已有一个结构,在加上箭头的位置后,反应角色会自动地被指定,现有的角 色也将被重写。若要改变自动设定角色,请使用之前介绍的反应角色工具。

■ 原子标记工具 (Atom Mapping Tool) 在反应检索中,原子绘图工具使用于指定反应物和产物的原子配对位置。反应物和产物的 原子配对数将由 1 开始以作表明。 想要指定原子配对,首先绘制反应物和产物。然后,点击原子绘图工具图标。当点击图标后,鼠标 会变成像图标的形状。将鼠标尖端对着和点击反应物的结点,便能指定配对位置。相同的数字将会 被标记在产物的结点上。 要改变或删除配对,先选择橡皮擦工具并点击标签。 你可以在反应式中标出多个原子配对,这可缩小答案数量,作更准确的检索。

■ 官能团工具 (Functional Group Tool)

使用官能团工具,你能以官能团名字来绘制反应。当点击官能团工具图标时,官能团的对话框将会 出现,然后选取你想要捜寻的官能团。当选取官能团时,它的结构将会出现在右边。

1-19

你能使用反应角色工具和箭头工具将角色设定到官能团。 还有, 你可选取没有作反应 non-reacting 作 为角色。 你能以官能团和结构作检索组合。请参考第五章有关官能团反应检索。

1-20

水平的工具板 (Horizontal Tool Palette)
水平的工具板提供一般原子和键的结构图标。绘制结构的分子式, 和分子量也显示在指示框内。

当前原子框

常用原子板

指示放大框

分子式

键合板

立体键合板

分子量

■ 当前原子框( Present Atom Box) 当前的原子框显示目前选择的原子、快捷方式、可变原子、R 基团或官能团。当在结构图标窗口上 绘图, 表示在当前原子框中的标志将会出现。C (碳) 为默认设定。 想要改变在结构图标窗口中的原子: 1. 使用原子菜单、快捷方式菜单、 X 菜单工具或在当前原子框中输入原子。 2. 使用铅笔工具在你想改变的结点点击,之后,结点会改变为在当前原子框中的原子。

常用原子板(Common Atom Palette) 常用原子板包括结构图标中时常被使用的原子。当点击原子图标,这原子将会变成默认,并显示在 当前原子框中。

■ 键板 (Bonding Palette) 键的类型有: 单键、双键、三键 和任何键。默认设定为单键。 当在板中点击键图标,键会成为默认。选择任何键去搜寻所有可能的键类型。 在结构图标窗口中改变键类型: 1. 从键板中选取你想要的键。 2. 移动鼠标,点击突出显示键,键将会改变。

1-21

■ 立体键板 (Stereo Bond Palette) 这是用来指定键结构中的立体异构或不对称碳原子的构像。键的类型包括:向前的立体单键、向后 的立体单键、 向前的立体双键、 向后的立体双键和“E、 Z 几何双键”。 当点击板上的图标,键会设定为默认并被突出显示。使用 Get Substances 搜寻含有立体键的结构时, SciFinder 会自动分析立体结果 (Stereo Analysis)如下

SciFinder 会自动分析立 SciFinder 会自动分析立 体结果 体结果 相同立体结构 与几何学异构体相配 相同立体结构 完全镜像的立体结构 完全镜像的立体结构 与几何学异构体不相配 部份立体结构相配 部份立体结构相配 没有立体结构相配 没有立体结构相配 没有立体结构 没有立体结构

■ 指示放大框(Indicated Magnification Box) 指示放大框能够把结构图标屏幕放大缩小。默认设定是100% 。要改变指示的放大率,只要在指示 放大框中的按下Enter,然后输入新的放大率。您可以改变指示的放大率从25% 至400% 之间。 ■ 分子式 / 分子量 (Molecular Formula / Molecular Weight) 目前绘制的结构的分子式和分子量将被显示在水平的工具板的底部。

1-22

结构检索(The Structure Query Drawing)
图例

步骤 1 — 使用苯环工具绘制环结构 ? ? ? 从垂直工具板选取苯环工具图标。 在结构图标窗口中绘制苯。 若要绘制稠环,先将鼠标移至已绘制的苯环右边之垂直双键,并加以点击,将苯环连合。

1-23

步骤 2 — 使用链工具 ? ? ? 点击链工具图标。 拖曳鼠标的键至右边,直至链的长度达至 3 个碳原子。放开鼠标键后,碳原子将被单键所 连接。 将链状鼠标放在右下边的结点上,并拖曳至右边直到链长度达至 1 个碳原子,然后放开鼠 标键。

步骤 3 — 绘制一个双键。 ? ? 在水平工具板点击双键图标。光标变成铅笔工具。 将铅笔状鼠标的尖端对着丙基基团中(苯环旁边)的结点。拖曳鼠标键直至链的长度达至 1 个 碳原子。一个双键将被增加。 第二个方法是跟据上述再绘制多一个单键。单键将变成一个双键。

1-24

步骤 4 — 绘制原子。 ? ? ? 在当前原子框输入符号“ NH2” 以表明氨基。然后,氨基将成为新的默认设定。 把铅笔状鼠标的尖端放在丙基基团的末端并点击,原子将被NH2取代 。(若在垂直的工具板 里点击快捷方式菜单工具,你也能选取NH2。详情请参见快捷方式菜单工具。) 运用同样方法取代丙基基团结点为 NH, 和取代甲醇基团的末结点为 OH 。

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保存结构和再用结构 (Save and Reuse Structure)
你能保存由 SciFinder 所绘制的结构,并在 SciFinder 或其它应用系统中使用它。从绘制窗口中的 文件菜单中选取 Save 或 Save As…时,对话框将会出现。从窗口下方的“存档类型”拉下菜单,选 取文件格式。输入指定文件名称并点击保存。

当保存文件后,你可以在 SciFinder 或其它应用系统中开启并再用此结构文件。

检索多个结构碎片 (Search Multiple Fragments)
当检索多个结构碎片和元素时,只需在屏幕窗口一次绘制多个结构碎片。当点击 Get Substances, 像下图所示的警告将会出现 (详情请参阅下个单元) 。如果你希望继续搜寻,点击“Yes”。

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