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用clustalx和PHYLIP软件推导进化树


用CLUSTALX和PHYLIP软件 从DNA序列推导进化树
一、用 CLUSTALX 软件对已知 DNA 序列(如下)做多序列 比对。 M._mulatta M._fascicularis M._sylvanus Homo_sapiens Gorilla Pongo Saimiri_sciureus Lemur_catta 操作步骤: 1、 双击进入 CLUSTALX 程序,点 FILE 进入 LOAD

SEQUENCE,打开 dna.seq 文件。 2、 点 ALIGNMENT,在默认 alignment parameters 下,点击 Do complete Alignment 。在新出现的窗 口中点击 ALIGN 进行比对。 3、 点 FILE 进入 Save sequence as,在 format 框中选 PHYLIP,文件在 PHYLIP 软件目录下以 DNA.phy 存在,点击 OK,。 4、 将 PHYLIP 软件目录下的 DNA.phy 文件拷贝到 EXE 文件夹中。用计事本方式打开的 DNA.phy 文 件的部分序列如下:
8 898 M._mulatta AAGCTTTTCT GGCGCAACCA TCCTCATGAT TGCTCACGGA CTCACCTCTT M._fascicu AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCCTTATAAT CGCCCACGGG CTCACCTCTT M._sylvanu AAGCTTCTCC GGTGCAACTA TCCTTATAGT TGCCCATGGA CTCACCTCTT Homo_sapie AAGCTTCACC GGCGCAGTCA TTCTCATAAT CGCCCACGGG CTTACATCCT Gorilla AAGCTTCACC GGCGCAGTTG TTCTTATAAT TGCCCACGGA CTTACATCAT Pongo AAGCTTCACC GGCGCAACCA CCCTCATGAT TGCCCATGGA CTCACATCCT Saimiri_sc AAGCTTCACC GGCGCAATGA TCCTAATAAT CGCTCACGGG TTTACTTCGT Lemur_catt AAGCTTCATA GGAGCAACCA TTCTAATAAT CGCACATGGC CTTACATCAT

二、用 PHYLIP 软件推导进化树。

1、 进入 EXE 文件夹,点击 SEQBOOT 软件输入 DNA.phy 文件名,回车后,输入 R 更改参数,更 改重复数字为 200。输 Y 确认参数。输入奇数种 子 3。程序开始运行,并在 EXE 文件夹中产生 outfile 2、 把文件 outfile 改为 infile。点击 DNADIST 程序。 输入 M 更改参数,输入 D 选择 data sets。输入 200。输 Y 确认参数。程序开始运行,并在 EXE 文件夹中产生 outfile,部分内容如下:
8 M._mulatta 0.0000 0.0920 0.1102 0.3147 0.3042 0.3209 0.3803 0.4013 M._fascicu 0.0920 0.0000 0.1276 0.3480 0.3509 0.3635 0.3812 0.4338 M._sylvanu 0.1102 0.1276 0.0000 0.3627 0.3212 0.3236 0.3872 0.3994 Homo_sapie 0.3147 0.3480 0.3627 0.0000 0.1192 0.1914 0.3608 0.4587 Gorilla 0.3042 0.3509 0.3212 0.1192 0.0000 0.2053 0.3479 0.4021 Pongo 0.3209 0.3635 0.3236 0.1914 0.2053 0.0000 0.3881 0.4424 Saimiri_sc 0.3803 0.3812 0.3872 0.3608 0.3479 0.3881 0.0000 0.3754 Lemur_catt 0.4013 0.4338 0.3994 0.4587 0.4021 0.4424 0.3754 0.0000

将 outfile 文件名改为 infile,为避免与原先 infile 文件重复,将 原先文件名改为 infile1。 3、 在EXE文件夹中选择通过距离矩阵推测进化树的 算法,点击NEIGHBOR程序。输入M更改参数, 输入D选择data sets。输入200。输入奇数种子 3。输Y确认参数。程序开始运行,并在EXE文件 夹中产生outfile和outtree两个结果输出。outtree 文件是一个树文件,可以用treeview等软件打 开。outfile是一个分析结果的输出报告,包括了 树和其他一些分析报告,可以用记事本直接打 开。部分内容如下:

8 Populations Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.6a3 Data set # 1: Neighbor-joining method Negative branch lengths allowed +--M._fascicu ! ! +---Homo_sapie ! +--1 ! +---2 +--Gorilla ! ! ! ! +-----4 +------Pongo !! ! ! ! ! +---------Saimiri_sc 6-5 +--3 !! +-----------Lemur_catt !! ! +--M._sylvanu ! +-M._mulatta remember: this is an unrooted tree! Between And Length -------------6 M._fascicu 0.05760 6 5 0.01567 5 4 0.10391 4 2 0.07154 2 1 0.03428 1 Homo_sapie 0.06833 1 Gorilla 0.05087 2 Pongo 0.10447 4 3 0.04540 3 Saimiri_sc 0.16883 3 Lemur_catt 0.20657 5 M._sylvanu 0.05723 6 M._mulatta 0.03440 Data set # 2: Neighbor-joining method Negative branch lengths allowed +---M._fascicu ! ! +--Homo_sapie ! +-1 ! +--2 +---Gorilla ! ! ! ! +----4 +-----Pongo !! ! ! ! ! +------------Lemur_catt

6-5 +--3 !! +------------Saimiri_sc !! ! +---M._sylvanu ! +--M._mulat remember: this is an unrooted tree! Between And Length -------------6 M._fascicu 0.06968 6 5 0.01927 5 4 0.07457 4 2 0.05815 2 1 0.02891 1 Homo_sapie 0.05409 1 Gorilla 0.06281 2 Pongo 0.10588 4 3 0.05240 3 Lemur_catt 0.21649 3 Saimiri_sc 0.21421 5 M._sylvanu 0.06848 6 M._mulatta 0.04422

4、 将outtree文件名改为intree,点击DRAWTREE程 序,输入font1文件名,作为参数。输Y确认参 数。程序开始运行,并出现Tree Preview图。

5、点击DRAWGRAM程序,输入font1文件名,作为
参数。输Y确认参数。程序开始运行,并出现 Tree Preview图。

6、将EXE文件夹中的outfile文件名改为outfile1,
以避免被新生成的outfile 文件覆盖。点击 CONSENSE程序。输入Y确认设置。EXE文件夹 中新生成outfile和outtree。Outfile文件用记事本 打开,内容如下:
Consensus tree program, version 3.6a3 Species in order: 1. M. fascicu 2. Homo sapie 3. Gorilla 4. Pongo 5. Saimiri sc 6. Lemur catt 7. M. sylvanu 8. M. mulatta

Sets included in the consensus tree Set (species in order) .*****.. .***.... .**..... .******. ....**.. How many times out of 200.00

200.00 200.00 200.00 198.00 194.00

Sets NOT included in consensus tree: Set (species in order) .****... .*****.* 6.00 2.00 How many times out of 200.00

Extended majority rule consensus tree CONSENSUS TREE: the numbers on the branches indicate the number of times the partition of the species into the two sets which are separated by that branch occurred among the trees, out of 200.00 trees +----------------------------------M. mulatta | | +------Homo sapie | +200.0-| +------| +200.0-| +------Gorilla | | | | | | +200.0-| +-------------Pongo | | | | | | | | +------Lemur catt | +198.0-| +-------194.0-| | | +------Saimiri sc | | | +---------------------------M. sylvanu | +-----------------------------------------M. fascicu

remember: this is an unrooted tree!

7 、将EXE文件夹中的intree文件名改为intree1,将
outtree改intree。点击DRAWTREE程序,输入font1文 件名,作为参数。输Y确认参数。程序开始运行,并出 现Tree Preview图。

8、点击DRAWGRAM程序,输入font1文件名,作为
参数。输Y确认参数。程序开始运行,并出现 Tree Preview图。



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