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使用说明


DeepView (曾经叫做 Swiss-PdbViewer), 也叫 DV 或 SPV,是一种 曾经叫做 , 界面友好, 基于计算机应用,功能强大的三维图形软件工具。它是 界面友好, 基于计算机应用,功能强大的三维图形软件工具。 设计的, 由瑞士日内瓦分子生物服 务器的 ExPASy 设计的, 生物学家可以通 过英特网从该服务器免费获得。 过英特网从该服务器免费获得。 它的功能如下: 一. Overview Swiss-Pdb Viewer 又叫 Deep View. 它的功能如下: a.显示和分析生物大分子(protein)的结构与图解; b.给予一段氨 显示和分析生物大分子( 显示和分析生物大分子 )的结构与图解; 给予一段氨 基酸序列,从头建立蛋白质结构模型 c.找出并显示蛋白质中、蛋白 基酸序列, 找出并显示蛋白质中、 找出并显示蛋白质中 质间、 通过检晶仪检测电子密度图, 质间、基团间的氢键 d.通过检晶仪检测电子密度图,判断电子密度 通过检晶仪检测电子密度图 图谱和模型的质量, 图谱和模型的质量,从而可以确 定蛋白质模型中许多普通类型的缺 结构和序列; 计算氨基酸 陷; e.同时显示分析多个蛋白质的 3D 结构和序列; f.计算氨基酸 同时显示分析多个蛋白质的 残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。 对序列已知结构未 残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。 g.对序列已知结构未 知的蛋白质,Deep View 会将氨基酸序列递交给 ExPASY , 通过找 知的蛋白质, 到同源序列进行比对 , 将比对结果通过 ExPASY 递交给 Swiss Model,做出同源模型。 ,做出同源模型。 二. Getting Started 载入一个蛋白质分子的方法有以下几种 a.可 可 以直接在菜单 file→open PDB file b.也可以在打开 PdbViewer 之后 也可以在打开 再直接把 pdb 文件拖进去即可 c.另外也可以通过快捷键 ctrl+o 打 另外也可以通过快捷键 最下面的最近使用 使用的 开 pdb 文件 d.在菜单 file 最下面的最近使用的 pdb 文件中直接 在菜单 出现对话框, 打开 e.在菜单 file 中点击 Import,出现对话框, Name 栏中键入 在菜单 出现对话框 在 PDB ID,如 “1HEW” ,点击 , 点击“Grab from SERVER”下面的 下面的“PDB 下面的 File” ,模型就会以 棍状形式出现。从这里我们可以看出,载入一 棍状形式出现。从这里我们可以看出, 个 蛋 白 分 子 , 不 仅 可 以 使 用 PDB ID, 还 可 以 使 用 ExPDB ID,

SwissModel 中 的 编 号 , Uppsala EDS 中 的 电 子 密 度 图 编 号 , pubchem CID,Uniprot 和 GenBank 中的序列号等。 保存 PDB , 中的序列号等。 文件 a. 可以通过 file→Save→ Current Layer(Ctrl+S)保存在显示 保存在显示 文件。 窗口活动的蛋白 分子的 PDB 文件。 b. Project(shift+ctrl+S)保存所 保存所 有同时打开显示的蛋白质分子。 有同时打开显示的蛋白质分子。 c. Save selected residues of Current Layer 保存被选择的氨基酸残基。 d. 还可以保存蛋白序列的 fasta 保存被选择的氨基酸残基。 选择的氨基酸残基 格式和当前蛋白质的图像。 e. 保存不同蛋白间的序列比对结果。 f. 格式和当前蛋白质的图像。 保存不同蛋白间的序列比对结果。 同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。 同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。 下有如下各种功能:control 三 . Windows and Help 在 windows 下有如下各种功能 panel, layers infos, alignment,等,下面以斑头雁与人的血红蛋白的序 等 列为例, 这些选项卡的功能。 一 列为例,来介绍 windows 这些选项卡的功能。 (一) Control Panel 当前显示的分子 Control Panel header 第一行是控制当前活动分子 可见性和可移动性, 寻求帮助。 的 可见性和可移动性,以及针对 Control Panel 寻求帮助。 第二行 的功能从左至右依次是: 显示氨基酸残基(show),显示侧链 的功能从左至右依次是: 显示氨基酸残基 ,显示侧链(side), , 标注残基(lable), 显示分子表面 ), 以条带形式显示螺旋和折叠 , 显示分子表面( , 标注残基 (ribbons), 并且可以有选 择的对各种氨基酸残基进行颜 色修饰 , (color)。 每一项上面的 标志,当点击 Group 这一项主要列出 的 。 标志, 蛋白质的主链: 二级结构: 氨基酸名称: 有: 蛋白质的主链:A.B 二级结构:h(helix) S(strand) 氨基酸名称: 氨基酸的编号 如 GLU, VAL 等 氨基酸的编号 “+”时,就会针对选中的氨基 酸显 时 示相应的侧链、标签、 云等,点击“-”时 侧链、 示相应的侧链、标签、电子 云等,点击 时,这些相应的 侧链、 标签、 电子云消失。 这两个黑色的箭头可以显示隐 藏的菜单: —— 藏的菜单: 标签、 电子云消失。 选择表面的类型: VDW( 范 德 华 力 表 面 ) 、 accesible( 可 及 选择表面的类型:

分子表面) 性 表 面 ) 、 molecular(分子表面 、user 。 ——着色对象的类 分子表面 着色对象的类 型: Backbone+side(骨架和侧链 、 Backbone(骨架 、 sidechain(侧 骨架和侧链) 骨架) 侧 骨架和侧链 骨架 条带) 标签) 分子表面) 链) 、 ribbon(条带 、lable(标签 molecular surface(分子表面 、 条带 标签 分子表面 (二) Layers Infos layers infos 可以同时显示多个蛋白质的信息, 可 二 可以同时显示多个蛋白质的信息, 各个蛋白质的显示情况,根据使 以通过对 layers infos 的操作控制 各个蛋白质的显示情况,根据使 者的需要清楚的观察各个蛋白质。 点击问号标志, 用 者的需要清楚的观察各个蛋白质 。 点击问号标志 , 可以针对 Layers Info 寻求帮助。 列出所有载入 的分子, 寻求帮助。 的分子,当前 活动分子用红 色表示。 为依据, 色表示。 以 NCBI 分类法 为依据,给出蛋 白所属生物的分 类学 地位。 对每个分子, 地位。 对每个分子, 选中或不选可以 控制是否执行如下表所示的各 种功能, 所有载入的分子。 种功能,按住 shift 可同时控制 所有载入的分子。 显示在每个分子 前选中的基团数。 中当 前选中的基团数。 Layers Info sel grp vis mov axis CA O H Hbnd Hdst cyc 分子被选中。 便于序列的选择,点击下面的数字时, 分子被选中。 于序列的选择,点击下面的数字时, 会选中所有属于这一基团的序列。 控制蛋白的可见性。 会选中所有属于这一基团的序列。 控制蛋白的可见性。 控制这个蛋 白质是否可以移动。 给该图形加一个坐标轴, 该坐标轴有三个方向: 白质是否可以移动。 给该图形加一个坐标轴, 该坐标轴有三个方向: X,Y,Z。 用来控制是否只显示蛋白质的 α-碳原子。 用来控制是否显 。 碳原子。 碳原子 示骨架的氧原子。 用来控制是否显示氢原子。 示骨架的氧原子。 用来控制是否显示氢原子。 用来控制是否显示氢 键 。 显示氢键间的距离。 控制不同 layer 之间的轮换显示, 按 显示氢键间的距离 。 之间的轮换显示 , Ctrl+Tab 可完成这一操作, 可完成这一操作, 但只有在所选 layer 的 cyc 选中的情况 下进行。 总是可见, 下进行。 +” “ 表示这一 layer 总是可见, -” “ 表示这一 layer 总 是隐藏。 控制给出的序列是否会出现在比对窗口。 是隐藏。 控制给出的序列是否会出现在比对窗口。 允许去选择模板 进行同源模建。标记“*” 的 来构建初级模型或提交给 SwissModel 进行同源模建。标记 layer 会被作为参考 layer,这一 layer 会被作为同源模建时的主要 这一

模板, 架会被应用, 模板, 他的骨 架会被应用, 而其他模板的作用只是增加构建侧链的 准确性。 AlnW mdl 注:Ctrl+点击 layer 的名字就可以对所点击的 准确性。 点击 layer 重新命名。 重新命名。 (三)Alignment Alignment 可以进行序列的比对, 三 可以进行序列的比对,

将斑头雁的血红蛋白( 将斑头雁的血红蛋白(1a4f)与灰雁的血红蛋 白(1faw)文件打开, ) )文件打开, 进行序列比对。 应用 Alignment 进行序列比对。 点击左侧的小图标可以以 文本形式 显示比对的结果。 显示比对的结果。 四.Manipulating the Model 共有 13 个控制按钮,从左至右依次 个控制按钮, 是将显示的蛋白质结构模型在窗口中居中。 点击该图标后, 为: 是将显示的蛋白质结构模型在窗口中居中。 点击该图标后, 可 以保持蛋白质结构模型不旋转的情况下在显示窗口中移 动模型。 以保持蛋白质结构模型不旋转的情况下在显示窗口中移 动模型。 点 击该图标后,可以放大或者是缩小结构模型。 点击该图标后, 击该图标后,可以放大或者是缩小结构模型。 点击该图标后,可以 旋转该蛋白质结构模型, 旋转该蛋白质结构模型,可以通过不同的角度清楚的 观察蛋白质结 构。是用来测量两个原子间的距离。用来测量三个相邻原子的角度。 是用来测量两个原子间的距离。 用来测量三个相邻原子的角度。 用来测量相邻四个原子的二面角。 用来测量相邻四个原子的二面角。 点击以后可以在所显示的蛋白质 上查看某个氨基酸残基是什么, 上查看某个氨基酸残基是什么, 并且标出 该氨基酸残基在蛋白质多 肽中的位置。 肽中的位置。 是以某个氨基酸残基为中心, 是以某个氨基酸残基为中心,显示在一定范围内的

所有原子。 蛛毒素( 所有原子。以虎纹捕鸟 蛛毒素(1QK6)为例,显示在 cys16 周围 )为例, 4.000? 范围之内的所有氨基酸残基。 显示以某个所选定的氨基酸残 范围之内的所有氨基酸残基。 显示以某个所选定的氨基酸残 基为中心的蛋白质多肽的结构图。 基为中心的蛋白质多肽的结构图。 是将一个分子叠加到另一个分子 可以利用) 上 (仅仅当有两个或更多的分子被载入时 可以利用) ,在这种情 况下,可以点击三个相应的分子中的原子来进行叠加。 况下,可以点击三个相应的分子中的原子来进行叠加。 可以应用这 个工具进行对某一点的定点突变。 个工具进行对某一点的定点突变。 用来对所选的氨基酸残基的某一 链进行旋转扭曲。 关于 mutate 和 torsion 会在后面具体介绍。 链进行旋转扭曲。 会在后面具体介绍。

五.Selecting and Displaying 选择 Display---show H-bonds, 或者 , 先选择 Tool---Compute H-Bonds,再选择 Layers Info 中的 Hbnd, 再选择 , H 键就会以绿色的形式表现出来。如下图: (1a4f) 如果想进一步查 键就会以绿色的形式表现出来。如下图: 键的长度, 看 H 键的长度,可以选择 Display-------show H-bonds distances, 或 氢键的长度就会被标出。 者直接点击 Layers Info 中的 Hdst,氢键的长度就会被标出。 氢键的长度就会被标出 蛋

种氨基酸, 如果想查看在蛋白质中想要的氨基酸, 白质常见的 20 种氨基酸, 如果想查看在蛋白质中想要的氨基酸, 比 如半胱氨 酸(Cys),可以选择 Select------Group kind-----Cys(c) . 以 ) 可以选择 1t1k.pdb 为例,得到了 3 个 Cys(黄色表示硫原子 1t1k.pdb Group 为例, 黄色表示硫原子) 黄色表示硫原子 kind 中还有 ATCGU (这是针对核苷酸序列的)按照同样的方法, 这是针对核苷酸序列的)按照同样的方法, 到想要的部分。 是反向选择: 也能得 到想要的部分。 Select------Inverse selection 是反向选择: 当 前选中的部分变为未选中的部分; 前选中的部分变为未选中的部分;同 时原来未选中的部分变为选中 的 部 分 。 Select-----Group Property 中 有 4 个 选 项 :

Basic ;Acidic ;Polar ;non Polar (它们分别 是选择碱性、酸性、极性、 它们分别 是选择碱性、酸性、极性、 非极性氨基酸)。 为例, 个氨基酸, 见下图: 碱 非极性氨基酸 。 以 1hew 为例, 共含 203 个氨基酸, 见下图: (碱 性氨基酸有 18 个) (酸性氨基酸有 9 个) (极性氨基酸有 37 个) (非 酸性氨基酸有 极性氨基酸有 非 极性氨基酸有 65 个) 六.Coloring Swiss-PdbViewer 提供了多种对模型染色的方式。在分 提供了多种对模型染色的方式。 子模拟中, 以用生动、 子模拟中,不同的颜色可 以用生动、直观的形式来展示分子结构和 化学结构的不同特点, 帮助理解分子的 复杂结构 。 以 1t1k.pdb 为 化学结构的不同特点, 例 注 : 1t1k,human insulin mutant His-B10-Asp Val-B12-Ala Pro-B28-Lys Lys-B29-Pro , 含 53 个 氨 基 酸 , 有 两 条 链 。 (一).Color---Secondary Structure 将螺旋部分(helix)标记为红色, 一 将螺旋部分( )标记为红色,

折叠部分(strands)标记为黄色,无规卷曲(coil) 标记为灰色,如下 标记为黄色,无规卷曲( ) 标记为灰色, 折叠部分 标记为黄色 图: 1t1k.pdb ( 二 ).Color--- Secondary Structure Succession

Secondary Structure Succession 能将整个序列的每个二级结构用不 示出来,第一个二级结构用紫色,最后一个用红色, 同的颜色显 示出来,第一个二级结构用紫色,最后一个用红色,中 间的二级结构用在可见光 谱(400nm-700nm)的各种不同的颜色显 ) 示出来。 示出来。这样可以更清楚的看到从氨 基端到羧基端二级结构间的顺 序。 如下图: 如下图: 1t1k.pdb (三).Color---by Chain 用于区分含有多条 三

链的结构, 用不同的颜色表示出来( 链的结构 ,不同的链 用不同的颜色表示出来 (1t1k .pdb 中一 条 alpha 链和一条 beta 链)黄色的表示 alpha 链,蓝色的表示 beta 如下图: 链。 如下图: 1t1k.pdb (四).Color---by Type 对结构模型染色的 四

依据是残基的化学类型: 带正电的用蓝色表示; 带负电用红色 表示; 表示; 依据是残基的化学类型: 带正电的用蓝色表示; 不带电的用黄色表示;无极性的用灰色表示。 如下图: 1t1k.pdb 不带电的用黄色表示; 无极性的用灰色表示。 如下图: (五).Color---by Accessibility 在结构中每个氨基酸残基与周围溶剂接 五 触程度的多少决定了残基的颜色。 接触最少的是蓝色, 触程度的多少决定了残基的颜色。 与溶剂 接触最少的是蓝色, 的多少决定了残基的颜色 完全 露在分子表面的是红色, 接触介于 2 者之间的, 者之间的, 露在分子表面的是红色, 用蓝色 和红色中间 的颜色表示,如蓝绿色和洋红色。 如下图: 的颜色表示,如蓝绿色和洋红色。 如下图: 1t1k.pdb (六).Color 六

---by CPK 将所有残基集团的颜色恢复到标准状态: 原子用白色表 将所有残基集团的颜色恢复到标准状态: 原子用红色表示; 原子用蓝色表示; 示; 原子用红色表示; C O N 原子用蓝色表示;S 原子用黄色表 如下图: 示。 如下图: 1t1k.pdb (七).Color--- B Factor 模型中的颜色取决于 七 B 因子(或称之为温度因子) 。对于一个原子来说,B 因子 指的 因子(或称之为温度因子) 对于一个原子来说, 是该原子在一般 平均化了的) ( 模型的位置与在其他模型的位置间的 是该原子在一般 平均化了的) 平均距 离,可反映分子各部分的摇摆性或活动性。 因此,可以利用 可反映分子各部分的摇摆性或活动性。 因此,

B 因子来判断其他模型与一般模型的一致性。若在所有测得的 模型 因子来判断其他模型与一般模型的一致性。 中该原子的位置变化不大是固定的, 中该原子的位置变化不大是固定的, 则以深蓝色显示; 则以深蓝色显示; 若在所有测得 中该原子的位置是不确定的或者说摇摆性很大, 的模型 中该原子的位置是不确定的或者说摇摆性很大,则以红色表 如下图: 示。 如下图: 1a4f-α 1t1k 在分子结构中, 七.Measuring and Labeling 在分子结构中, 将分子结构放置到合适 的位置, 可以测量 2 点之间的距离、 点之间的距离、 的位置, 相邻 3 个原子的角度以及相邻 4 个原子的二面角。同时可以在图上标注出来。 点击图标 ,选取任 个原子的二面角。同时可以在图上标注出来。 意两点,即可测得这两点间的距离。 意两点,即可测得这两点间的距离。 点击图标 ,如想测得三个相邻 原子的夹角,先点击角的顶点, 下两点,即可测得夹角值。 原子的夹角,先点击角的顶点,再点击余 下两点,即可测得夹角值。 为例来说明二面角的测量, 以 1t1k.pdb 为例来说明二面角的测量, 选取 beta 链中的 12Ala, , Ctrl+ 依次选取相邻的 4 个原子, 个原子, 测得二面角为 156.40°。 。 如下图所 示: , 为了验证测得的二面角是否正确,可将模型旋转,当转到某 为了验证测得的二面角是否正确,可将模型旋转, 这时形成的角即为二面角或其补角, 一角度时 2,3 点重 合,这时形成的角即为二面角或其补角,如下 , 图所示: 黄线标注的即为二面角补角。如果发现测量的数据不是你 图所示: 黄线标注的即为二面角补角。如果发现测量的数据不是你 想要的,可以清除,重新测量: 选 择 : Display-------Label

kind---------Clear User Labels(快捷键 (快捷键“Alt”+“-”。 ) 。 八.Mutating and Changing Side-Chain Conformations 在这一部分 为例, 里,我们以 1HEW 为例,将 98ILE 突变为 98GLN,然后再研究 , 形成多的氢键。 是否 这个新的残基会与 tri-NAG 形成多的氢键。 注: 1HEW(鸡 鸡 蛋白溶菌酶 HEN EGG WHITE LYSOZYME), 内含有 tri-NAG(三 , 三 氮乙酰葡萄糖)。 首先: 聚 氮乙酰葡萄糖 。 首先: display and center the complete model 1HEW in CPK colors display H-bonds restrict the display to tri-NAG

and groups within 7 angstroms of tri-NAG display only H-bonds to tri-NAG 如下图所示: 98ILE 也在显示范围内, 如下图所示: 也在显示范围内, 并且 它的侧链朝向 tri-NAG 的方向, 所以可以作为蛋白质工程改造 的备选因子。 选 的方向, 的备选因子 选因子。 上的任一原子, 如下图所示: 择 mutate,点击 98ILE 上的任一原子,如下图所示: 点击 选择突变为

GLN, , 是因为 GLN 具有长的侧链, 具有长的侧链, 的能力。 有接受或贡献 H-bond 的能力。 如 图 所 示 , 当 突 变 为 GLN 后 , 98GLN 的 氮 原 子 上 的 氢 与 201NAG 上第三位氧原 子形成氢键。 检测侧链可能形成的不同构 子形成氢键。 可以通过键盘上的*控制 控制, 按钮下的箭头。 象。 可以通过键盘上的 控制,也可以点击 mutate 按钮下的箭头。 每次点击, Deep View 都会显示一个不同的构象, 都会显示一个不同的构象, 每次点击, 粉色虚线表示可能 产生碰撞, 与其他原子 产生碰撞,绿色虚线表示会形成潜在的 H-bond。从图 。 中可以看出, 会产生碰撞, 中可以看出,98GLN 的氮原子与色氨酸 Trp 会产生碰撞,要找到 以看出 一种构象 既可与 tri-NAG 形成 H-bond, , 也不会与其他残基发生碰 按钮仍然是黑色, 撞。 注意这时 mutate 按钮仍然是黑色, Click the button again and click Accept to keep the new GLN residue in the conformation you selected. 改 变 构 象 看 新 的 侧 链 是 否 会 与 其 它 的 原 子 相 连 , 选 择 TORSION 点击 98GLN 的 任一原子。 每次点击黑色箭头,都会 任一原子。 每次点击黑色箭头, 自动生成新的构象。也可通过控 制键盘的数字键来进行手动调节。 自动生成新的构象。 制键盘的数字键来进行手动调节。 如 下 图 所 示 : 98GLN 只 与 201NAG 形 成 氢 键 98GLN 可 与 201NAG,202NAG 形成氢键 98GLN 可与 201NAG 形成 2 个氢

按钮也为黑色, 注意: 键 注意这时 TORSION 按钮也为黑色, 注意:在使用 MUTATE 只显示实际构象, 时,Deep View 只显示实际构象,但使用 TORSION 时, 不会检 查改造过的侧链构象是否真实,会产生化学上不可能的构象。 实际 查改造过的侧链构象是否真实,会产生化学上不可能的构象。

应用上要对模型进行能量最小化, 得到最稳定构象, 来消除不合理的 应用上要对模型进行能量最小化, 得到最稳定构象, 构象。 构象。 Deep View 通过对 AMBER, CHARMm, GROMOS 程序

递交能量最小化请求, 行模型能量最小化。具体操作如下: 进 递交能量最小化请求, 行模型能量最小化。具体操作如下:Select: Visible Groups Tools: Energy Minimization... 能量最小化后的构象 将能量最小化前、 可看出构象的差异。 将能量最小化前、后的模型进行 magic fit,可看出构象的差异。 可看出构象的差异 九.Using a Ramachandran Plot Ramachandran Plot(α-碳与酰胺平 碳与酰胺平 面交角图, 面交角图, 拉氏构象图), 拉氏构象图 , 通过它可以了解相关 残基的 phi 和 psi 角 的信息。通过拉氏图可获得的信息: 允许构象和不允许构 的信息。通过拉氏图可获得的信息:(1)允许构象和不允许构 象。(2) 蛋白质主链的优势构象。 这两个角度可以自由旋转, 蛋白质主链的优势构象。 理论上 phi,psi 这两个角度可以自由旋转, 间上的障碍, 可实际上在某些特定的角度可能有空 间上的障碍,Ramachandran Plot 主要目的是显示哪些角度的组合是空间上所允 许的。这些在空 许的。 间上允许出现的区域以蓝色与黄色等高线表示。若将已知的蛋白 质 间上允许出现的区域以蓝色与黄色等高线表示。 螺旋的角度绘在图上, 结构中 α-螺旋的角度绘在图上, 大部分的点都出现在第三象限的黄 螺旋的角度绘在图上 色区域中; 链的数据集中在第二象限的黄色区域中。 色区域中; 而 β-链的数据集中在第二象限的黄色区域中。 链的数据集中在第二象限的黄色区域中 beta-strand 一方面显示这些结构都落在没有空间障碍的区域, 另一 一方面显示这些结构都落在没有空间障碍的区域 复的,一连串的氨基酸都有相似的结构, 方面也显示这些结构是重 复的,一连串的氨基酸都有相似的结构, 在这两种特别的二级结构中, 在这两种特别的二级结构中, 任何 R 基都不会碰撞在一起。 拉氏图 基都不会碰撞在一起。 中黄线封闭的区域是允许区, 这个区域内的任何成对二面角(φ,ψ) 中黄线封闭的区域是允许区 , 这个区域内的任何成对二面角 的构象都是立体化学所允许的。因为在构象中, 所规定 的构象都是立体化学所允许的。因为在构象中,非共价键合 原子间的距离≥最小 接触距离,两者无斥力,构象能量最低, 原子间的距离 最小 接触距离,两者无斥力,构象能量最低,所以构 象是稳定的。 折叠片, 象是稳定的。例如平行和反平行 β 折叠片,胶原蛋白三股螺旋和右 手 α 螺旋都位于允许区内。黄线外蓝线内的其 他区域为不完全允许 螺旋都位于允许区内。

临界限制区)。 区(临界限制区 。这个区域内的任何二面角 临界限制区 这个区域内的任何二面角(φ,ψ)所规定的 主链构象 所规定的 虽是立体化学可允许的, 虽是立体化学可允许的, 但不够稳定, 因为在此构象中非共价键合原 体化学可允许的 但不够稳定, 之间的距离小于允许距离,但仍大于极限距离。 子 之间的距离小于允许距离,但仍大于极限距离。蓝线外的区域是 不允许区。 域内的任何二面角(φ,ψ)所规定的主链构象都是立体 不允许区。该区 域内的任何二面角 所规定的主链构象都是立体 化学所不允许的, 化学所不允许的, 因为在此 构象中非共价键合原子间的距离小于极 限距离,斥力很大,构象能量很高, 这种构象极不稳定, 限距离,斥力很大,构象能量很高,因此 这种构象极不稳定,不能 存在,例如 φ=180°ψ=0°的构象和 φ=0°ψ=180° 的构象。 以 1t1k 为 存在, 的构象和 的构象。 例 , 这个胰岛素突变体中有 3 个 helices,2 个 strands 。 打开 , 1t1k----select----all 然后 windows----show ramachandran plot, 再在 color 中选择 color by secondary structure succession。 如下图所示: 。 如下图所示: 从图中可见, 螺旋主要出现在第三象限 螺旋主要出现在第三象限, 折叠主要出现在第二象 从图中可见,α-螺旋主要出现在第三象限,β-折叠主要出现在第二象 限。 点击 ramachandran plot 使之激活, 使之激活, 将鼠标移到图的一个点上, 将鼠标移到图的一个点上, 就会显示在左上角。 残基的名字和位置 就会显示在左上角。 中间的黄色区域内显示的点 是 helices,左上侧的区域内显示的是 beta 构型的 strands。 当移动 左上侧的区域内显示的是 。 区域中的点时, 蛋白结构中相应残基连接的结构也会发生移动。 水平 区域中的点时, 蛋白结构中相应残基连接的结构也会发生移动。 点时, 拖动 点时,改变的是 phi 角((n-1)C-N-CA-C(n))or CA-N,垂直拖 ) 垂直拖 动点时,改变的是 psi 角(N-CA-C(n)-N(n+1))or CA-C。 水平拖 动点时, ) 。 动 Cys7 附 录 ( 一 ) 分 子 表 面 的 类 型 Swiss-PdbViewerManualv3.7) 附 录 ( 二 ) SPDB-V4.0 新 增 项 目 原 文 This is version 4.0 ( 图 片 来 源 于

http://spdbv.vital-it.ch/ NEWS FOR VERSION 4.


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