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应用PHYLIP构建进化树的完整详细过程


,获 n6f 过测 ( 可 ), 过NCBI BLAST获 较高 组 , 载 为FASTA格 . BIOEDIT" 软件编辑 称, PHYLIP DOS 运 , 件 过10 , 过 会 动 10 . ( , 对 X2n 应 CLASTAL X进 , 输 格 选 PHY格 . 导树 件(DND 件)可 TREEVIEW 开编辑, 终 进 树类 , 真 进 树. q ,构建

进 树 1.N-J= 建树 应 PHYLIP软件 SEQBOOT.EXE,DNADIST.EXE,NEIGHBOR.EXE CONSENSE.EXE 开.具 骤 : (1) 开seqboot.exe 输 件 :输 你 CLASTAL X… PHY 件(*.phy). R为bootstrap 数 , 为1000 ( 设你输 值为M , 两 DNADIST.EXE, NEIGHBOR.EXED M值 为1000) odd number: (4N+1)(eg: 1,5,9…) 改 y G outfile( phylip 件夹内) 改 为2 (2) 开Dnadist.EXE 输 2 …n M值, 改 D, 输 1000(M值) y G outfile( phylip 件夹内) 改 为3 (3) 开Neighboor.EXE 输 3 M=1000(M值) c Y G outfile outtree( phylip 件夹内) 改outtree为4,outfile改为402 (4) 开consense.exe 输 4 y G outfile outtree( phylip 件夹内) Outfile可 改为*.txt 件, 记 开阅读. - ,进 树编辑 阅读 outtree可改为*.tre 件 , 双击 treeview 看 ; 可 改 件扩 , treeview, PHYLODRAW,NJPLOT" 软件 开编辑.TREEVIEW可 显 BOOTSTRAN值, 较 (60 条 ) 时 开 显 显 叠,可 预览 显 , 输 为EMF WMF图 件看, 较 时BOOTSTRAN值 显 较乱, 称 叠. PHYLODRAW 编辑功 较强,可 调节X,Y轴 长 .输 格 为BMP,PS格 .缺 显 BOOTSTRAN值, 括 开TREEVIEW输 NEX 件, 输 BMP 件 ,类 屏 件, PHOTOSHOP进 拼 , 加BOOTSTRAN值 号 .据说 可 将PS 件 记 开,改变 号, 过ADOBE DISTRILLOR将PS转 为P DF, 可 决问题. 果发现还 叠,可 改变PS 件 号 , 适为 .

NJPLOT可 显 BOOTSTRAN值

值长 .

调节图

X,Y轴 长

.

建MP,ML树将Dnadist Neighboot两 较 时, 没 尝试. 为

别改为Dnapars Dnaml , 较 .



.据说ML=

可 CLASTAL XD BOOTSTRAN N-J TREE=… 进 树 , TREE 单输 格 选项 (OUTPUT FORMAT OPTION) BOOTSTRAN LABELS ON 选NODE(节 ). treeview , 选择tree 单 ,%ky show internal edge lables 选项 勾 , 开 件 bootstrap 值 可 显 来.

介绍几个软件的使用. 个方面的功能软件:i,DNA 软件.iv,

PHYLIP.其 多个软件的压缩包, 载 功能极其强大, 括 数据转变 蛋 质序列数据的分析软件.ii,

双击则自动解压.当你解压后就挥发现PHYLIP

距 数据后,对距离数据分析的软件. iii,对基因频率和连续的元素分析的 个碱基/氨基酸独立看待(碱基/氨基酸只有0 1 状态 DOLLO 简约性算法对序列进行分析的软 , 对前两种功能软件进行说明. 时,对序列进行分析的软件.v, 件.vi,绘制和修改进化树的软件. 们现在有几个序列如下: Mo3 Mo5 Mo6 Mo7 Mo8 Mo9 Mo12 Mo13 ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGCACGGTACCAT ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCAT ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCAT ATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT ATGTATTTCGTACATTACTG CCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT ATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT 骤, CLUSTALX , 开软件

对这8个序列进行进化树分析, 图中的 8 SEQBOOT, 50

,输出格式为 *.PHY. 记事本打开如下图: 别表示 8 个序列和每个序列有 50 个碱基. 图: 数字后,屏幕显示如下: 条件

径输入刚才生成的 *.PHY 件,并在Random number seed (must be odd) ? 输入一个4N+1

图中的 D,J,R,I,O,1,2 代 可选择的选项,键入这些字母,

会发生改变.D选项无须改变.J 选项有三种条件可以选择, 别是Bootstrap, Jackknife Bootstraping Permute. 到 Bootstraping 对进化树进行评估, 选取一半, 谓

从整个序列的碱基(氨基酸)

随机补齐组成一个新的序列.这样, 个序列就可以变成了许多序列. 个 多 能 组也就可以变成许多个多序列组.根据 种算法( 大简约性法, 大可 , 权配对法或邻位相连法) 个多序列组都可以生成一个进化树.将生 许多进化树进行比较, 多数规则(majority-rule) 们就会得到一个最 个缩短了一半的新序列.Permute 同,这里不再介绍. Bootstrap

" 真" 进化树.Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法.它与Bootstrap 区别是不将剩下的一半序列补齐, 种取样方法,其 个多序列组.根据多 republicate.当我们设置好条件后,键入 Y Outfile 记事本打开如下: 这个文件包括了100个republicate. 开DNAPARS( 大简约性法) DNAML( 大可能 outfile 件更 输入. 图: )软件.将刚才生 R 选项让使用者输入 republicate 与 Bootstrap Jackknife

数目. 谓 republicate

数目的不同可 选取不同的 车.得到 个文件outfile

选项O 让使用者设定一个序列作为outgroup. 组很接近的序列作为outgroup( 将直接影响到最后的进化树的好坏.选项 M .设置好条件后,键入 Y Outfile 开如下图: 车.

选择一个亲缘关系与所分析 输入刚才设置的 republicate 数

选outgroup),outgroup 选择的好坏 两个文件outfile treefile.

该文件包括了227个进化树.Treefile可 227个进化树.

TREEVIEW 软件打开同样包含了这 输入. 图:

开CONSENSE 软件,将刚才生成的treefile 件更

键入 Y 图:

车.

两个文件 outfile

treefile.Treefile

TREEVIEW

开,

Outfile 开如下图: 们看出两个树是同样的.但 ( outfile 树上的数字表示该枝条的 Bootstrap 大简约法) 经完成.

100.6).到现在,8个序列的进化树分析(



邻位相连法对这 8 个序列进行分析的话, 件输入, 图:

执行 SEQBOOT 软

件将这8个序列变成100个republicate.

, 开DNADIST软件, SEQBOOT

选项 D

种距离模式可以选择, 别是 Kimura 2-parameter,Jin/Nei, Jukes-Cantor.选项 T 键入一个 15-30 间的数字.

Maximum-likelihood

选项M 键入100.运行后生成文件如下图: 这个文件包含了与输入文件相同的100个republicate, 两两序列的进化距离来表示. 件 Mo5 Mo6 Mo7 Mo8 Mo9 Mo12 执行NEIGHBOR 软件. 选项 M 键入 100. 图: 两个文件 outfile treefile 记事本和 TREEVIEW 件更 输入 开 过每个 republicate Mo3

个republicate都

Mo13. 这个输出文件为输入文件,

,发现这两个文件都含有 100 个进化树. 将 treefile

CONSENSE 软件, 得到两个文件 outfile treefile,这就是最后的结果. 对DNA , 果 对蛋白质序列进行分析,PROTDIST,PROTPARS documents. 等软件.其 软件的用法可以参照PHYLIP

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