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DSN均一化文库构建介绍


DSN 均一化文库构建 基于双链特异性核酸酶(Duplex-Specific Nuclease, DSN)的先进 cDNA 文库均一化技术,能 减低高丰度表达基因,有效富集低丰度表达基因,降低冗余率。
DSN (duplex-specificenzyme)是近年来发现的一种热稳定核酸酶。该酶能够选择性降解双 链 DNA 和 DNA-RNA 杂交体中的 DNA, 对单链核酸分子几乎没有作用。 DSN 特异降解双链 DNA, 不需要以往复性式均一化过程中靠物理方法分离单双链 DNA 的步骤。

在 DSN 均一化处理这一步,首先 cDNA 文库变性后进行复性,rRNA,tRNA 来源的 DNA 分子其复性快于 mRNA,因此首先被 DSN 降解。通过各来源的 DNA 分子的复性速度的不同 而进行均一化。DSN 均一化处理能够降解掉高丰度的 DNA 分子来自 rRNA, tRNA,管家基因, 而保留低表达丰度的 DNA 分子。DSN 均一化处理技术具有广泛的应用,包括新转录本的发 现和注释,缺少 poly-A 尾的细菌转录本的分析,以及福尔马林固定石蜡包埋的方法处理的 RNA。 建库流程需要 3 天。DSN 均一化处理在常规样本文库的 Cluster 制备之前这一步。流程如 下:

DSN 是均一化处理,会丢失表达量信息。因此信息分析与常规建库的分析相比,没有基 因表达差异分析以及基于表达量的所有分析。


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