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生物信息几种软件应用举例


生物信息学课堂复习及拓展

一、开放阅读框ORF
? 开放阅读框[open reading frame,ORF] 是结构基 因的正常核苷酸序列,从起始密码子到终止密码 子的阅读框可编码完整的多肽链,其间不存在使 翻译中断的终止密码子。

点击Plotorf 点击

Plotorf 是核酸分析工具的一种, 是核酸分析工具的一种, 用图形的形式来预测它的 开放阅读框( 开放阅读框(ORF)。 )。




③改为png格 改为 格 式

Hba_mouse.cds 开放阅读框分析结果

显示结果不在同一页 不好分析, 面,不好分析,可以 下载,方便看全图 下载,

二、TYLCV引物设计 引物设计
番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow 番茄黄化曲叶病毒 leaf curl virus,TYLCV)为双生病毒 , 为双生病毒 科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病毒 菜豆金色花叶病毒 成员, 属(Begomovirus)成员,寄主有番茄、 成员 寄主有番茄、 曼陀罗、辣椒、菜豆、烟草等, 曼陀罗、辣椒、菜豆、烟草等,对蔬 菜生产的危害极大。 菜生产的危害极大。

在高级检索中Field中选择 中选择Organism 在高级检索中 中选择 中输入TYLCV,就会得到下图 在Term中输入 中输入 ,

检索结果如下: 检索结果如下:

? 搜索到 搜索到TYLCV的某一种蛋白的相关信息, 的某一种蛋白的相关信息, 的某一种蛋白的相关信息 本处是选取的它的外壳蛋白 本处是选取的它的外壳蛋白(Capsid 外壳蛋白 protein)为例。然后在该蛋白的信息中查找 为例。 为例 序列, 到TYLCV的DNA的CDS序列,为后面的工 的 的 序列 作做准备。 作做准备。 ? 由于已经获得TYLCV的DNA编码区相关序 由于已经获得 的 编码区相关序 列,所以计划设计相应引物通过PCR在生 所以计划设计相应引物通过 在生 产上检测TYLCV的存在。 的存在。 产上检测 的存在

? 在WebLab中搜索到 中搜索到eprimer3,打开 中搜索到 , 该软件,输入前面获得的 该软件,输入前面获得的DNA相关信 相关信 息,单击运行键就可以得到相应结果。 单击运行键就可以得到相应结果。 但是,由于引物设计有很多原则,如 但是,由于引物设计有很多原则, GC含量等,要想设计出比较好的引物 含量等, 含量等 还需要对该软件进行仔细挖掘。 还需要对该软件进行仔细挖掘。

运行的结果

二、Garnier软件的应用 软件的应用
Garnier软件可以用来预测 软件可以用来预测 蛋白质的二级结构

中搜索到Garnier软件, 软件, 在WebLab中搜索到 中搜索到 软件 打开后,如下图: 打开后,如下图:

? 将已经获得的蛋白质序列输入到相应位置, 将已经获得的蛋白质序列输入到相应位置, 设置好输出位置等信息, 设置好输出位置等信息,单击运行就可以 获得相应结果,结果见下两页。 获得相应结果,结果见下两页。

三、iep软件的应用 软件的应用
? 利用 软件可以计算任一种蛋白质的等电 利用iep软件可以计算任一种蛋白质的等电 点,为蛋白质的提纯分离等提供参考。 为蛋白质的提纯分离等提供参考。 ? 应用该软件是需要先获得相应蛋白质的氨 基酸序列,并保存为 格式, 基酸序列,并保存为fasta格式,该软件可 格式 以在WebLab中找到。 中找到。 以在 中找到

该软件打开后工作界面如下图所示: 该软件打开后工作界面如下图所示:

? 输入相应蛋白质序列,设置好输出路 输入相应蛋白质序列, 径和名称等其他参数, 径和名称等其他参数,单击运行就可 以得到结果,见下页: 以得到结果,见下页:

? 该程序对人血红蛋 白的142个氨基酸 白的 个氨基酸 残基从PH1到PH14 残基从 到 进行分析, 进行分析,得到其 等电点为9.0879。 等电点为 。

Thank you


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