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CAPS dCAPS SSLPs SCAR


什么是 CAPS?

酶切扩增多态性序列(C1eaved Amplified Polymorphic Sequences,CAPS)是一类以 PCR 为 基础的共显性的分子标记,它的基本原理是先用已知位点的 DNA 序列去设计一套特异性的 PCR 引物(19~27 bp) 。然后应用这些去扩增该位点上的某一 DNA 片段;接着用一种专一 性的限制性内切酶切割所

得的扩增带并进行 RFLP 分析。 1993 年 Konieczny 和 Ausubel 首先 在拟南芥两种不同的生态型 Columbia 和 Landsberg 之间发展出了 18 套这样的 CAPS 标记。 根据 TAIR(The Arabidopsis Information Resource)最新公布的信息。在拟南芥中又有 53 套 新的 CAPS 标记被鉴定出来。CAPS 标记揭示的是特异 PCR 片段的限制性长度变异的信息, 特异引物序列来自基因数据库、基因组克隆或 cDNA 克隆以及克隆的 RAPD 条带。 CAPS 标记是特异引物 PCR 与限制性酶切相结合而产生的一种 DNA 标记, 它实际上是一些 特异引物 PCR 标记(如 SCAR 和 STS)的一种延伸。当 SCAR 或 STS 的特异扩增产物的电 泳谱带不表现多态性时, 一种补救办法就是用限制性内切酶对扩增产物进行酶切, 然后再通 过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。用这种方法检测到的 DNA 多态性就称为 CAPS 标记。它揭示的是特异 PCR 产物 DNA 序列内限制性酶切位点变异的信息,也表现为 限制性片段长度的多态性。 CAPS 标记在实际研究中经常用到。例如,Williamson 等(1994)找到了一个与抗线虫病基 因 Mi 连锁的显性 RAPD 标记 REX-1。经克隆测序设计出 20 碱基特异引物,转化为 SCAR 标记。但在所有抗感品系都会扩增出一条同样大小的带,无多态性表现。后用限制性内切酶 TaqⅠ酶切后,抗感品系间表现了多态性,并能区分纯合、杂合品系,成为与 Mi 连锁的共 显性标记。Caranta 等(1999)获得了辣椒中与抗马铃薯 Y 病毒病和辣椒斑驳病毒病的抗病 基因 Pvy4 紧密连锁的 AFLP 标记,将 8 个标记中最靠近的 1 个共显性 AFLP 标记转化成了 共显性的 CAPS 标记。 dCAPS SNP 恰好位于限制性酶切位点这种情况还比较少,于是在 CAPS 标记的基础上通过在扩增 引物中引入错配碱基, 则可以结合 SNP 位点引入新的限制性内切酶作用位点, 产生和 CAPS 标记类似的多态性。这就是 dCAPS 的方法。用 CAPS 或 dCAPS 的方法则可以将几乎所有 的 SNP 位点转化成以 PCR 为基础的分子标记。 简单序列长度多态性(SSLP)即通常所说的 SSR 科技名词定义 中文名称: 简单序列长度多态性英文名称: simple sequence length polymorphism;SSLP 定义 1: 微卫星 DNA 中由于重复单元的拷贝数不同而造成不同长度的串联重复序列。所属学科:生 物化学与分子生物学(一级学科) ;方法与技术(二级学科)定义 2:微卫星 DNA 中由于重 复单元的拷贝数不同而造成不同长度的串联重复序列。所属学科:遗传学(一级学科) ;基 因组学(二级学科) 本内容由全国科学技术名词审定委员会审定公布 目录

英文 定义 编辑本段 英文 simple sequence length polymorphism,SSLP 编辑本段 定义 简单序列长度多态性是据串联重复排列微卫星基序两侧的单一序列设计引物, 对微卫星 序列(microsatellite DNA 或 simple sequence repeats,SSR)进行扩增,由微卫星基序重复数 目的变异而产生多态性。 由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列, 因而可以 将微卫星侧翼的 DNA 片段克隆、测序,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进 行 PCR 扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来。 由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异, 个体的扩增产物在长度上的变化就产生 长度的多态性,这一多态性称为 SSLP,每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。 SSLP 是一些长度不等的重复序列、有多个等位基因位点,它们多为 2-4 个核苷酸序列重复 (也叫微卫星标记) ,在不同动植物品系中其重复次数不同,故可用 PCR 法来检测各该多态 性序列的长度,从而快速测定出多种回交后代中标记物的分离方式。基因组中广泛分布,等 位性变异丰富,检测手段简便,稳定可靠而受重视,但是微卫星标记要求已知微卫星两侧单 一序列信息而使其发展受到限制, 同时微卫星标记具有严格的种属特异性也使其应用上受到 限制。

SCAR 标记
SCAR 标记是在 RAPD(随机序列扩增多态性)技术基础上发展起来的。SCAR 标记是将目标 RAPD 片段进行克隆并对其末端测序,根据 RAPD 片段两端序 列设计特异引物,对基因 DNA 片段再进行 PCR 特异扩增,把与原 RAPD 片段 相对应的单一位点鉴别出来。SCAR 标记是共显性遗传,待检 DNA 间的差异 可直接通过有无扩增产物来显示。SCAR 标记方便、快捷、可靠,可以快速检测 大量个体,结果稳定性好,重现性高。
参考资料:百度百科:分子标记


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